Eigentlich besteht der Bodensee aus drei Gewässern: Aus dem großen Obersee, der sich Richtung Osten erstreckt, dem Überlinger See im Nordwesten mit der Insel Mainau und dem kleinen Untersee in Richtung Westen mit der Insel Reichenau. Der Ober- und der Untersee sind durch den Seerhein miteinander verbunden. Beide Seen haben eine Gesamtuferlänge von 273 km. 173 km davon liegen in Deutschland, 72 km in der Schweiz und 28 km in Österreich. Rechnet man beide Seen zusammen, ist der Bodensee mit einer Fläche von 536 km² nach dem Plattensee (594 km²) und dem Genfersee (580 km²) der drittgrößte See Mitteleuropas. Vom Wasservolumen her ist er mit 48,5 km³ nach dem Genfersee (89 km³) der zweitgrößte.
Das Klima am vielbesegelten Bodensee ist mild mit gemäßigten Verläufen. Bei gutem Sommerwetter kann man morgens mit Südwind rechnen, am Vormittag dann mit Wind aus Richtung Westen (besonders am Ostufer des Sees). Nordwind kommt selten vor, allerdings dauert dieser im Drei-Tages-Rhythmus an (drei, sechs oder neun Tage lang). Der Bodensee als Wassersportrevier gilt als nicht ganz ungefährlich, weil der Föhn, ein warmer Fallwind aus den Alpen, mit seinen teils orkanartigen Windböen meterhohe Wellenberge vor sich hertreiben kann. Solche treten in der Regel recht plötzlich bei kurzfristigen Wetterumschwüngen auf. Die Gewitter am Bodensee sind ebenfalls recht gefährlich, weil die schnell und hart zuschlagen und innerhalb kürzester Zeit einen ungewöhnlich hohen und ruppigen Seegang aufbauen. Rund um den See ist ein Frühwarnsystem mit Blinklichtern installiert. Bei einer Windstärke ab sechs Beaufort blinken diese 40 Mal pro Minute, ab acht Beaufort 90 Mal.
Im Bodensee gibt es zwölf Inseln und sechs Halbinseln, die zum Teil bewohnt, zum Teil unbewohnt sind. Die größten Inseln sind Reichenau (4.300.000 m²), Lindau (680.000 m²) und Mainau (447.000 m²), die kleinste Insel ist Hoy mit nur noch 53 m². In den einzelnen Abschnitten des Bodensees gibt es eine Vielzahl unterschiedlich großer Naturschutzgebiete mit reichhaltiger Flora und in denen sich unzählige Vogelarten aufhalten.
Für die Schifffahrt auf dem Bodensee braucht der Skipper ein eigenes Bodenseeschifferpatent, das in Deutschland, in Österreich und in der Schweiz ausgestellt werden kann. Sportschiffer mit Motorbooten benötigen bei mehr als 4,4 kW Leistung das Patent der Kategorie A, Skipper von Segelbooten benötigen das Patent der Kategorie D, sofern das Schiff mehr als 12 m² Segelfläche hat. Darüber hinaus gibt es kurzzeitige Gastlizenzen, bei denen das vorhandene Patent für einen Monat lang anerkannt wird. So ist auch eine einmalige Chartertour auf dem Bodensee möglich. Segelboote ohne Motor, bis zu einer Länge von 2,50 m und unter 12 m² Segelfläche können ohne Patent gesegelt werden und sind nicht registrierungspflichtig. Alle Boote, die über einen Maschinenantrieb verfügen und / oder mit Wohn-, Koch- oder sanitären Einrichtungen ausgestattet sind, müssen bei der zuständigen Schifffahrtsbehörde für den Bodensee zugelassen werden.
Für Anfänger gibt es häufig Schnuppersegel- und Mitsegelangebote, außerdem gibt es Segelkurse für Kinder. Jährlich findet zudem die Internationale Bodenseewoche statt, bei der über 100 restaurierte Segel-Oldtimer, nach historischem Vorbild erbaute Yachten, moderne Hightech-Racer und Renn-Katamarane sowie klassische Motor- und Dampfboote zu bestaunen sind.
(Kite-) Surfen ist aufgrund der wenig konstanten Winde schwierig auf dem Bodensee. Kitesurfen ist sogar an den meisten Uferabschnitten verboten. Das Westufer der Insel Reichenau eignet sich derzeit am besten als Surfrevier, weil die Winde dort recht konstant mit zwei bis drei Beaufort wehen.
Das Tauchrevier Bodensee ist attraktiv, aber anspruchsvoll. Die meisten Tauchgebiete sind im nördlichen Teil des Sees. Interessante Wracks (z.B. Raddampfer Jura) und größere Fische sind erst in Tiefen, die von Sporttauchern meist nicht mehr erreicht werden, zu entdecken. Wichtig beim Tauchen im Bodensee ist, dass das Wasser auch im Sommer bereits ab zehn Metern Tiefe unter 10 Grad kalt ist. Daher werden Atemregler benötigt, die bei derartigen Temperaturen nicht vereisen. Im Fahrwasser ist das Tauchen verboten.
Zwischen Mitte Juni und Mitte September erreicht das Wasser im Bodensee Temperaturen zwischen 19 und 25 Grad. Schwimmen ist hier bei gutem Wetter also durchaus möglich.
Fast jeder Ort und jedes Ausflugsziel sind am Bodensee über den Wasserweg bequem und schnell erreichbar und sogar Zeitreisen scheinen bei der Vielfalt der Bodenseeschifffahrtserlebnisse möglich: Blitzendes Messing und auf Hochglanz polierte Täfelungen sind auf dem Raddampfer „Hohentwiel" aus König Wilhelms Zeiten zu sehen. Oder man kreuzt eine originalgetreu restaurierte „Lädine" – die mit nur einem Rahsegel getakelten Frachtschiffe waren vom Mittelalter bis ins 20. Jahrhundert auf dem Bodensee allgegenwärtig. Wer einen Tag mal nicht auf dem Wasser verbringen möchte, kann den Bodensee auch aus der Luft entdecken: Zeppeline starten von Friedrichshafen aus Rundflüge und der Bodensee-Airport Friedrichshafen – der südlichste Regionalflughafen Deutschlands – dient zahlreichen Urlaubern als Tor zum See.